Ob negotovih razmerah zaradi epidemije COVID-19 in glede na nasvete državnih organov da se, če bo možno, končajo samo tekmovanja v najvišjem rangu tekmovanja, pa je izvršni odbor odločil zaključiti tekmovanje v 2. SNL. Ob prekinitvi se upoštevajo rezultati na dan prekinitve tekmovanja, kar pomeni, da v primeru uspešno končanega licenčnega postopka v Prvo ligo Telekom Slovenije za sezono 20/21 napreduje Koper, v dodatne kvalifikacije pa Gorica. Zmagovalca lige za sezono 2019/20 se zaradi neizvedbe zadnje tretjine tekmovanja ne razglasi.

V skladu z odločitvijo NZS, iz 2. SNL izpada Nogometni klub Koroška Dravograd. Odločitev zveze komentira predsednik kluba in nekdanji slovenski reprezentant Marko Šuler.