V zadnji izdaji revije Science je bila objavljena študija, v kateri znanstvena skupina na podlagi 8750 pridobljenih genomov virusa SARS-CoV-2 iz vzorcev bolnikov 33 afriških držav opisuje razvoj epidemije v Afriki. Ocenjujejo, da sta dejanski številki okužb in smrtnosti nekajkrat višji od sedanjih ocen. Prvi primeri koronavirusa so bili zabeleženi v Nigeriji, Egiptu in Južnoafriški republiki, ko je šlo povečini za vnos iz evropskih držav in azijskih držav Bližnjega vzhoda. Omenjene države so poleg Kenije glede na podatke filogenetske analize tudi sicer izvor razširjanja virusa po celini. Kljub temu da so države že na začetku pričele s sledenjem in vzorčenjem, je bilo to med celotnim potekom epidemije nekonsistentno. 

Podrobnejše spremljanje razširjanja virusa se je ponovno pričelo po drugem valu okužb, ko so na podlagi mutacij v genomu zaznali nove različke. Med njimi so se zaradi suma na višjo infektivnost osredotočili na različek B1, natančneje B.1.351 oziroma beta. Različek beta je zaradi višje infektivnosti v Južnoafriški republiki prevladal, po zabeleženih podatkih pa je Južnoafriška republika postala tudi glavna točka razširjanja SARC-CoV-2 drugod po celini.