Združevanje Pedagoškega inštituta z nekaterimi drugimi javnimi zavodi je problematično z več vidikov, vsekakor pa je pri tem najprej potrebno izpostaviti onemogočeno avtonomnost raziskav in vpliv cenzure. Čeravno pa je omenjenjeno ukinjanje samostojnosti Pedagoškega inštituta zelo zaskrbljujoče, pa bi še večjo zaskrbljenost morali povzročati finančni rezi, ki jih želi vlada na področju raziskovanja in visokega šolstva uvesti z julijem 2012.