S pangenomom nad paradajze brez okusa

Molekularni biologi in bioinformatiki iz Združenih držav Amerike so s pregledom genomov različnih sort paradižnikov odkrili nove gene, ki bi v prihodnosti lahko pripomogli k izboljšanju njihovega okusa.

V želji po velikih in mesnatih plodovih smo ljudje ustvarili to, kar danes poznamo pod imenom paradižnik. Večina današnjih sort paradižnikov je potomstvo skupnega prednika, nič večjega od zrna graha, katerega semena so na prelomu iz 16. v 17. stoletje v naš prostor prinesli konkvistadorji z območij današnjega Peruja in Ekvadorja. Iz tega pra pra paradižnika so ljudje udomačili različne sorte, ki jih lahko gojimo doma na vrtu ali pa jih kupimo v trgovini. Udomačena vrsta je vrsta, pri kateri so ljudje med gojenjem odbirali želene lastnosti. Tako so na primer izbrali rastlino, ki se je ponašala z največjimi plodovi, ter jo križali s tisto, najbolj odporno proti suši. Na molekularnem nivoju pa so na ta način izbirali tudi gene, ki so bili med drugim odgovorni za izražanje želenih lastnosti. Zaradi nenehnega medsebojnega križanja podobnih sort se je genetska raznolikost sort zmanjšala, kar danes omejuje možnosti za izboljšave tega sadeža. Ja, paradižnik botanično spada med sadje. Spreminjanje lastnosti se trenutno kaže predvsem pri kupljenih paradižnikih, ki so ostali skoraj brez okusa.

Skupina ameriških znanstvenic in znanstvenikov je s pomočjo biomolekularnih in bioinformatskih metod naredila pregled genov nekaj več kot 700 sort paradižnika in ustvarila tako imenovani pangenom, ki ga sestavlja nabor genov vseh sort znotraj ene vrste. Analizirane so bile najpogosteje uporabljene sorte ter njim sorodni divji paradižniki. Rezultate so primerjali z referenčnim genomom, ki ga v podatkovnih bazah najdemo kot reprezentativen nabor genov neke vrste. Ta je bil v primeru paradižnika sestavljen iz genoma ene sorte in zato ni vseboval genov drugih sort, s spreminjanjem katerih se ukvarjajo žlahtniteljice in žlahtnitelji. Ameriška raziskovalna skupina je v svoji raziskavi odkrila skoraj 5000 novih genov, ki jih referenčni genom prej ni vseboval. Izpostavili so predvsem eno izmed različic gena, ki igra vlogo pri biosintezi lahko hlapnih spojin, ki prispevajo k boljši aromi plodov. Tekom raziskave pa so odkrili tudi novo vlogo omenjenega gena. Sodeluje namreč tudi pri proizvajanju apokarotenoidov, ki prav tako izboljšujejo paradižnikov okus in aromo. S pangenomom so raziskovalke in raziskovalci razširili referenčni genom, kar bo žlahtniteljem omogočilo gojenje novih sort paradižnika z izboljšanim okusom.

Paradajze doma goji Laura.