Minevata dva tedna, odkar je britansko podjetje DeepMind, ki je hčerinsko podjetje Googla, izdalo svoj najnovejši model za napovedovanje strukture bioloških makromolekul, AlphaFold3. Ta je nasledil prejšnjega, AlphaFold2, o katerem smo na valovih našega radia že poročali in je dodobra pretresel področje dizajniranja novih proteinov v zadnjih treh letih.

Novi, izboljšani model je po besedah raziskovalcev stopil še korak dlje. Poleg struktur proteinov lahko namreč zdaj napove tudi komplekse proteinov z nukleinskimi kislinami, torej molekulami DNK in RNK. Dodatno pa lahko napove tudi komplekse z majhnimi ligandi, denimo organskimi molekulami ali ioni. Ključno prednost novemu modelu prinaša vključitev elementov generativne umetne inteligence, predvsem difuzijski model. Gre za tip modela generativne umetne inteligence, ki ga poznamo predvsem iz orodij umetne inteligence, kot so generatorji slik.

Čeprav je za končno sodbo o novem modelu še prezgodaj, se glede na začetne odzive raziskovalne skupnosti kaže, da AlphaFold3 dejansko predstavlja pomemben korak naprej. Toda izpostavimo še en vidik razkritja novega modela. Raziskovalci in raziskovalke oziroma bolje inženirke in inženirji DeepMinda so izzdajo novega modela kakopak kronali s prestižno objavo v reviji Nature. In tukaj se zgodba zalomi. Kmalu po objavi se je na omrežju X namreč oglasil računalniški biolog doktor Roland Dunbrack iz Centra za raziskave raka Fox Chase v Filadelfiji, eden od recenzentov, ki so bili povabljeni, da delo predhodno ocenijo in ugotovijo, ali je primerno za objavo v omenjeni reviji. V recenzentskem postopku je zagovarjal stališče, da bi morala biti računalniška koda, tako kot pri prejšnjem modelu, prosto dostopna. Prav odprti dostop do kode AlphaFold2 je bil namreč v zadnjih treh letih ključ do hitrega razvoja področja dizajniranja novih proteinov. Toda uredniki revije Nature so povozili zahteve recenzenta in od DeepMinda kode niso zahtevali, prispevek pa sprejeli v objavo zgolj s podrobnim opisom delovanja modela. S tem je Nature grobo kršili lastno politiko glede objavljanja znanstvenih člankov, ki jo sicer strogo izvajajo do preostalih raziskovalcev.

Zgodba je odmevala v raziskovalni skupnosti in izzvala pismo uredništvu revije Nature oziroma peticijo, ki jo je do danes podpisalo že več 800 raziskovalcev in raziskovalk. V peticiji znanstvenice in znanstveniki zahtevajo dosledno uredniško politiko založniške hiše Nature, ki si mora prizadevati za reproducibilno in transparentno znanost, najsi gre za raziskovalno skupino ali pa podjetje z ekonomskimi interesi. Omenimo še to, da je del modela AlphaFold3, ki omogoča napovedovanje struktur bioloških makromolekul v kompleksih z ligandi, dostopen zgolj preko podjetja Isomorphic Labs, naslednjega spinoffa podjetja Google, ki pa je že sklenilo ekskluzivne pogodbe z Novartisom in Eli Lilly.

Včeraj se je na skupnostni poziv odzvalo tudi uredništvo Nature. V zelo medlem odzivu na očitke, zakaj niso zahtevali objave računalniške kode, se uredništvo Nature izgovarja na omejitve privatnega sektorja glede deljenja vseh informacij z javnostjo. A ker gre v omenjenem primeru AlphaFold3 pri računalniški kodi za ključni del raziskave, je Nature še vedno v protislovju s svojimi lastnimi smernicami in politiko objavljanja, in tako ni odgovoril na poziv raziskovalne skupnosti. Nekoliko bolj konstruktiven je bil odziv podjetja DeepMind, ki se je pod pritiskom znanstvene skupnosti zavezalo, da bo objavilo celotno kodo, a šele čez šest mesecev. Do takrat pa se bodo raziskovalci in raziskovalke morali očitno zadovoljiti s skromnih 20 poizvedb na dan, ki jih je DeepMind namenil vsakemu uporabniku Googlovih storitev.

///////////////////

Včeraj so na seji upravnega odbora Javne agencije za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije, krajše Aris, sprejeli posodobljene kriterije za vrednotenje raziskovalnih rezultatov vodij projektov. Spremenjeni kriteriji stopijo v veljavo z današnjim dnem.

Minuli teden so Visokošolski sindikat Slovenije, Sindikat vzgoje, izobraževanja, znanosti in kulture ter Konfederacija sindikatov Slovenije Pergam na Aris naslovili odprto pismo, o čemer smo ta teden poročali v Akademskih 15. Če povzamemo: v pismu so agenciji očitali diskriminatorno obravnavo vodij projektov, ki so bili dlje časa bolniško odsotni zaradi zdravstvenih razlogov ali zaradi starševstva. Na podlagi dosedanjih kriterijev vrednotenja raziskovalnih rezultatov so bile njihove prijave na razpisu zavrnjene, kljub temu da so prijaviteljice želele podaljšati veljavni čas znanstvenih objav na podlagi upravičene odsotnosti.

Zakon o znanstvenoraziskovalni in inovacijski dejavnosti iz leta 2022 Arisu narekuje, da mora vsem osebam z utemeljeno odsotnostjo od strokovnega udejstvovanja omogočiti podaljšano obdobje zajema podatkov glede citiranosti in objav. To pomeni, da mora vsem, ki so se odločili za koriščenje starševskega dopusta in dolgotrajno obolelim, omogočiti enakopravno obravnavo pri prijavi na mentorske in projektne razpise, ki jih agencija pripravlja in nadzoruje.

Z novosprejetimi kriteriji bo obdobje za izkazovanje raziskovalnih dosežkov vodij projektov sedaj neomejeno. Pri ocenjevanju vlog bodo upoštevali celotno obdobje raziskovalnega dela, in ne zgolj krajše, nekajletno obdobje pred oddano prijavo. Za prijavi, ki letos nista ustrezali pogojem kljub upravičeni odsotnosti, bodo po poročanju univerzitetne redakcije na Arisu preučili pravne možnosti. Po besedah direktorice Špele Stres pa rezultatov še ne morejo napovedati.

ZOFFo sta pripravila Uroš in Luka.